Ngày 07/11/1948, thực dân Pháp mở cuộc tấn công lên Sơn Tây. Do là cửa ngõ của thị xã Sơn Tây; do vậy, ngay trong ngày đầu tiên, địch đã tiến đánh địa bàn Phúc Thọ. Như vậy, từ tháng 11/1948, quân và dân Phúc Thọ chính thức bước vào giai đoạn mới, trực tiếp chiến đấu với thực dân Pháp trên địa bàn huyện.
Với âm mưu chiếm đóng Sơn Tây lâu dài, thực dân Pháp tăng cường càn quét để lập tề ở Phúc Thọ. Từ tháng 11/1949, địch đóng quân dọc theo đường đê sông Hồng như Mỹ Giang (Tam Hiệp), Kim Lũ (Thượng Cốc), Võng Nội (Võng Xuyên) rồi tổ chức càn quét các vùng xung quanh: Tường Phiêu (Tùng Thiện), Thư Trai, Chùa Quan (Lạc Trị), Cẩm Đình, Phụng Thượng…
Sau khi tấn công lên Sơn Tây, quân Pháp đóng quân chốt 5 vị trí trên huyện Phúc Thọ: dọc đường 11A (2 vị trí là bốt Phụng Thượng (xã Phụng Thượng) và Chùa Quan (xã Lạc Trị, nay thuộc thị trấn Phúc Thọ); từ Mỹ Giang lên Sơn Tây có 3 vị trí là bốt Kim Lũ (xã Hát Môn), bốt Võng Nội (xã Võng Xuyên) và bốt Phù Sa (xã Viên Sơn). Ngoài ra, huyện Phúc Thọ còn chịu sự uy hiếp từ 2 vị trí là bốt Mỹ Giang và bốt thị xã Sơn Tây.
Sau khi thiết lập xong hệ thống đồn bốt, củng cố bộ máy cai trị, thực dân Pháp tiến hành các cuộc càn quét ác liệt khắp các địa bàn trong huyện bằng nhiều thủ đoạn như phá rào, sục hầm bí mật, bắt bớ, đốt phá.
Trước tình hình mới, thực hiện chủ trương của Tỉnh ủy Sơn Tây, phần đông bộ đội du kích huyện được rút sang tỉnh Vĩnh Yên để củng cố lực lượng, chỉ để lại số ít ở địch hậu để nắm tình hình. Do vậy, từ tháng 4/1949, thực dân Pháp cùng tay sai đã huy động, tập hợp lực lượng đánh phá những làng kháng chiến kiên cố của Phúc Thọ nhằm bình định, lập bộ máy cai trị.
Sau ngày thực dân Pháp đánh chiếm Sơn Tây (7/11/1948), theo lệnh của cấp trên, Ủy ban kháng chiến – Hành chính huyện Phúc Thọ chia làm 2 bộ phận, một bộ phận đóng ở Thạch Thất để chỉ huy và củng cố các xã ven đường 11A thành những khu chiến đấu như Lạc Trị, Phụng Thượng, Ngọc Tảo và Long Xuyên. Bộ phận thứ hai đóng tại huyện Yên Lạc (Vĩnh Phúc) để chỉ huy các xã ven sông Hồng và các xã nội đồng như Vân Cốc, Cẩm Đình, Đốc Ngữ... Đến tháng 5/1949, theo Quyết nghị của Tỉnh ủy, Ủy ban kháng chiến hành chính huyện có thêm bộ phận thứ ba đóng ở Đông Thuống - Hòa Bình, để liên lạc với tỉnh và với bộ phận ở Thạch Thất. Nhằm tăng cường lực lượng quân sự, 7/1949, huyện tổ chức thêm một trung đội du kích tập trung (thời điểm này, huyện có 2 trung đội với 66 chiến sĩ).
Ngày 23/3/1949, Thường vụ Tỉnh uỷ đã họp quyết định tiếp tục duy trì, phát triển phong trào đấu tranh vũ trang trong vùng địch tạm chiếm, đề ra những nhiệm vụ trước mắt và củng cố lại bộ máy chỉ huy quân sự các cấp, các đơn vị du kích tập trung và du kích xã; quyết phá tề trừ gian, duy trì các khu chiến đấu lòng địch.
Từ giữa tháng 4/1949, phong trào kháng chiến ở Sơn Tây và Phúc Thọ tạm thời lắng xuống. Do vậy, Chỉ thị 61 của Tỉnh ủy ngày 27/4/1949 và Hội nghị mở rộng của Tỉnh ủy tháng 6/1949, xác định nhiệm vụ trước mắt là khôi phục phong trào đấu tranh vũ trang trong vùng địch tạm chiếm, kiên quyết triệt phá tề, củng cố dân quân du kích xã, du kích tập trung huyện và tỉnh, chuyển thành bộ đội địa phương. Thực hiện chủ trương trên của Tỉnh ủy, Huyện ủy Phúc Thọ đã xây dựng chương trình chỉ đạo củng cố tổ chức Đảng, quần chúng, du kích và phân công cán bộ, đảng viên về vùng địch tạm chiếm gây dựng cơ sở.
Ngày 29/9/1949, Tỉnh ủy Sơn Tây ra Chỉ thị 69 với nhiệm vụ trọng tâm tổ chức nhân dân hồi cư, đồng thời xác định rõ: “phải đưa tất cả cán bộ, đảng viên và du kích trở về bám đất bám dân…”. Quán triệt Chỉ thị 69, cán bộ, đảng viên, nhân dân Phúc Thọ đã hăng hái trở về vùng địch hậu.
Đến cuối tháng 12/1949, Tả Hà Vân Cốc là vùng tự do cuối cùng của huyện bị địch tạm chiếm và lập tề. Đây là mốc đánh dấu thời điểm thực dân Pháp hoàn thành việc chiếm đóng Phúc Thọ.
Tháng 3/1950, Mặt trận dân tộc thống nhất huyện Phúc Thọ ra đời trên cơ sở hợp nhất Mặt trận Việt Minh và Hội Liên Việt, góp phần đẩy mạnh công tác mặt trận đoàn kết dân tộc.
Từ tháng 5 đến tháng 8/1950, thực dân Pháp và tay sai mở đợt khủng bố phạm vi toàn tỉnh gây tổn thất lớn cho phong trào cách mạng: cán bộ bị đánh bật ra ngoài, phong trào cách mạng nhiều xã tạm lắng xuống, như: Vân Cốc, Lạc Trị. Tháng 7/1950, Thường vụ Tỉnh ủy ra nghị quyết về chống khủng bố. Từ đó, Huyện ủy Phúc Thọ động viên cán bộ ở vùng tự do trở về bám đất, bám dân khôi phục phong trào cách mạng, trên cơ sở đó gây dựng cơ sở chính trị, củng cố dân quân du kích. Kết quả: trong 3 tháng 7, 8 và 9/1950, huyện gây dựng được một số cơ sở quần chúng, như ở Thuấn Ngoại (Thanh Đa), Vĩnh Thọ (Vân Cốc).... Một số cơ sở Đảng và quần chúng được gây dựng lại ở Cẩm Đình, Lạc Trị, Đốc Ngữ... Hầu hết bộ máy tề cấp xã và tổ chức quần chúng do địch lập ra đã bị phá tan hoặc vô hiệu hóa. Toàn huyện giải tán được 26 ban tề. Song song với nhiệm vụ kháng chiến, chính quyền huyện còn tổ chức động viên nhân dân đẩy mạnh sản xuất, ủng hộ kháng chiến.
Trong những năm 1951-1953, địch mở nhiều cuộc bao vây càn quét khủng bố, đốt phá nhà cửa và bắt bớ cán bộ, đảng viên, nhân dân, bắt một số thanh niên đi lính, làm tay sai cho chúng. Thực dân Pháp còn sử dụng các thủ đoạn chính trị nhằm lừa bịp lôi kéo quần chúng, như việc lập ra các tổ chức chính trị giả hiệu: "Bảo quốc đoàn", "Phụ nữ quốc dân Việt Nam".
Trước thủ đoạn đó, Ban Thường vụ Huyện ủy Phúc Thọ ra chỉ thị với nội dung "bám sát đất, nằm sát dân, khéo léo gây dựng phong trào; đi lại, làm việc hết sức bí mật chống chủ quan; tạm ngừng hoạt động quân sự củng cố tinh thần của dân, duy trì cơ sở là chính đồng thời tiến hành công tác chuẩn bị chiến trường…”. Nhờ sự đùm bọc của nhân dân, cán bộ và du kích vẫn bám sát địa phương. Phúc Thọ là huyện có cán bộ, đảng viên bám được cơ sở cao nhất tỉnh Sơn Tây.
Huyện ủy còn tổ chức các cuộc đấu tranh chống thuế, đòi địch thả những người bị bắt trong các cuộc càn quét, vận động tuyên truyền giáo dục cho thanh niên không đi lính làm bia đỡ đạn cho chúng; vận động những gia đình có người thân đi lính quay trở về với nhân dân. Do đó, một số ngụy binh đã nhận ra lẽ phải, giác ngộ và mang súng trở về nộp cho lực lượng kháng chiến.
Với truyền thống yêu nước kiên cường cách mạng, ngay từ khi bị giặc Pháp chiếm đóng, Đảng bộ và nhân dân Phúc Thọ đã hăng hái bước vào công tác kháng chiến trường kỳ, gian khổ. Toàn Đảng, toàn dân, toàn quân trong huyện phát huy chủ nghĩa anh hùng cách mạng, vừa kháng chiến vừa kiến quốc, kiên cường đập tan âm mưu bình định và các cuộc càn quét, khủng bố của thực dân Pháp; tạo thế và lực để tiến lên giải phóng quê hương...
BAN TUYÊN GIÁO HUYỆN ỦY